关于允贤最终的感情归属，剧情发展到后期，观众可以看到她的感情线主要集中在两位重要人物身上——朱祁镇和杨惟贞。朱祁镇是明朝的一位皇帝，他与允贤有着深厚的情谊，但因身份地位的巨大差异，这段感情始终充满波折。而杨惟贞则是一位忠诚可靠的朋友，在允贤最困难的时候给予她支持与帮助。
最终，允贤选择了杨惟贞作为自己人生的伴侣。这一选择不仅体现了允贤对爱情的理性思考，也反映了她对人生价值的深刻理解。杨惟贞虽然没有显赫的地位，但他对允贤的理解和支持贯穿始终，这正是允贤所需要的。
《女医明妃传》通过允贤的故事，传递了女性追求自我价值和社会认同的主题，同时也探讨了爱情与事业之间的平衡问题。允贤与杨惟贞的结合，不仅是个人幸福的选择，更是两人共同成长的结果。这一结局让许多观众感到欣慰，因为它传递了一种积极向上的价值观，即真正的幸福来自于内心的满足和平等相待的关系。
